L’Ambassade du Burkina près le Saint-Siège, avec résidence à Rome, a été créée suivant décret n°2015-793/PRES-TRANS/PM/MAECR/ME, en date du 03 juillet 2015, portant ouverture de trois (03) Ambassades du Burkina Faso respectivement auprès du Saint-Siège, à Doha, à Nairobi, l’élévation du Consulat Général du Burkina Faso à Libreville en Ambassade Représentation Permanente.

S.E.M. Robert Compaoré, nommé le 25 novembre 2015, suivant décret n°2015-1454-PRES-TRANS/PM/MAECR du 07 décembre 2015, en qualité d’Ambassadeur Extraordinaire et Plénipotentiaire du Burkina Faso près le Saint-Siège, avec résidence à Rome, a exercé cette fonction jusqu’en 30 juin 2022. A ce titre, il est le premier Ambassadeur résident de notre pays près le Siège Apostolique.  Son Successeur, S.E.M. Régis Kévin BAKYONO, nommé suivant décret n°2023-0037-PRES-TRANS/PM/MAECR, en date du 30 janvier 2023, a officiellement pris service le 09 mars 2023.

À la faveur de l’adoption du décret n°2023-1159/PRES-TRANS/PM/MAECRBE/MEFP, en date du 19 septembre 2023, portant définition des juridictions des Missions diplomatiques et postes consulaires du Burkina Faso qui réorganise le maillage diplomatique de notre pays, l’Ordre Souverain Militaire Hospitalier de Saint-Jean de Jérusalem de Rhodes et de Malte (Ordre de Malte) relève désormais de la juridiction de l’Ambassade du Burkina Faso près le Saint-Siège.